Pubmed se renueva

Pubmed ha tomado un nuevo diseño más innovador, como siempre digo en este blog, San Google todos queremos ser niños como tú, y es que ha disminuido de forma clara la cantidad de información que se ofrecía en la página de entrada, para crear un diseño más minimalista atendiendo a los tiempos que corren.

Supongo que éste como cualquier cambio llevará las consabidas críticas. No obstante, creo que era un paso que había que realizar. [Voy a echar de menos las pestañitas para limitar resultados]

Además de el cambio de apariencias PubMed aparecen nuevos cambios como el “Also Try“, “Auto Suggest” y “Titles with your Search Terms” dentro del interfaz de resultados. Si bien, intenta ser más dinámica con estas opciones no llega a las opciones que dan otros productos como Nextbio, Novoseek, u otros de la misma quinta. Otras novedades están relacionadas con los formatos de salida. En lugar de AbstractPlus y Citation, sólo se ofrecerán tres formatos: Summary, Abstract y MEDLINE. El formato Abstract combinará aspectos de los dos que van a desaparecer tales como los descriptores MeSH y artículos relacionados.[1]

Y es que los informáticos le han cambiado hasta el favicon.

He aquí el resultado. [O dicho de otro modo, He aquí tu siervo Sangoogle. Me he renovado a tu imagen y semejanza]

http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Algunos ya realizan pequeños esquemas para orientarse en la nueva interfaz

MEDIE. La mineria de datos sobre Medline.

Como ya comenté en anteriores entradas, la minería datos es un conjunto de procesos que ayudan a extraer información sobre la información, es decir usando las características de la Inteligencia Artificial poder extraer de manera mucho más eficiente la información contenida dentro de los documentos, en el caso del que vamos hablar ahora, de Pubmed/Medline.

Medie es un motor de búsqueda semántica "inteligente" que recupera correlaciones biomédicas entre 18,627,642 (Actualizado el 27 de Agosto de 2009) artículos de MEDLINE. Se pueden encontrar resúmenes y frases en MEDLINE mediante la especificación de frases sencillas, como por ejemplo, ¿Que activa la proteína p53?

Esta realizado por Jun'ichi Tsujii y su equipo y aunque a priori parece una herramienta muy útil hay muchos documentalistas que aun discrepan de su utilidad, o de su efciencia.

Medie permite interactuar con él a través de tres formas como Sujeto, verbo o Complemento Directo. La correlación entre verbo y alguno de los otros dos terminos es necesario.(Obvio, claro)

Buscando libros (II)

Muchas veces nos encontramos ante la tesitura de encontrar algún libro que no se encuentra bajo dominio público, pero que por necesidades de la investigación, tenemos que recurrir al mismo de manera inmediata. En estos casos, lo más fácil sería recurrir a una biblioteca que lo tuviese y nos solucionara el problema.

Y aunque en teoría, lo que acabo de decir suena a maravilla, no suele ser lo que ocurre todas las veces. Algunas veces te encontrar que el dichoso documento se encuentra en una Biblioteca a 800 kilómetros de donde vives y que aunque el préstamo interbibliotecario se inventó para eso, no te soluciona el problema para mañana.[Posiblemente te lo solucionará en una semana como mínimo.] A veces no tienes suerte, y el libro que buscas se encuentra dentro de los fondos de la Universidad de Berkeley, con una edición muy limitada, y tus posibilidades de acceso físico al mismo se resumen en ninguna.

También es sabido por todos que los libros de la salud van forrados con láminas de oro, lo que hace que los precios de algunos libros sean bastante altos, y en los que la economia del estudiante se enfrenta a duras visicitudes. [Belorcio o tomarme unas cañas, Belorcio o tomarme unas cañas. Siempre gana Belorcio, amigos].

Con todo esto quiero decir, que muchas veces hay que conseguir los libros de forma gratuita y rápida, la piratería no es algo que me agrade, pero en mi orden ético de valores, la difusión de la cultura y el conocimiento gana de manera clara a cualquier supuesto hecho delictivo de apropiarme indebidamente de los libros de otro, sin aportarle ninguna remuneración económica.

Para los libros más usuales. Los de uso más frecuente recomiendo:

Libros de Medicina

• Libros de Medicina
• El blog de Heman. Kinesiologia. [Entre muchísima mierda, existen enlaces a libros de medicina recomocidos. No os asustéis.]
• Libros Medicos

Libros de Veterinaria.

• Actiweb
• Pogogas
• Taringa. Libros para veterinarios

Para encontrar libros de uso menos frecuente, y por tanto más difíciles de encontrar, yo recomiendo:

• Passfans

Passfans es un foro chino en el que se republican en versión electrónica la mayoría de los libros universitarios que salen al mercado en Norteamérica. Como podréis adivinar el sitio sólo acepta como legua el inglés y funciona con un sistema de créditos.

El sistema de créditos es complicado, ya que por cada post que publiques y las veces que sea agradecido recibes una serie de créditos lo que más tarde te permite ver secciones, o comprarles libros digitalizados a otros usuarios. De este modo garantizan que todo el mundo aporte algo al foro.

Y todo esto sin poner libros de medicina gratis o libros de veterinaria gratis.

Estudiando Anatomia.

Quizá llegué un poco tarde y los exámenes ya hayan pasado, aunque siempre queda septiembre para que estudiantes, curiosos y morbosos varios, puedan disfrutar un poco con la anatomía del cuerpo humano.

Y es que esos grandes amigos como son el Sobotta [El libro con más links en torrents o Rapidshare. Es más fácil encontrarlo pirta que original.], el Escolar, o el Rohen Yokochi [o konichimichi, como he oído a alguna decir] son demasiado sosos, pecan de petardos, y a decir verdad, serían personajes a los que no llamaría para irme a tomar unas cañas. Bromas aparte, la enseñanza de la anatomía pasa por elementos más interactivos y menos estáticos. Un claro ejemplo de ello, fue esa pequeña aportación de José Escolar García , cuando al mundo anatómico; el conocido Belorcio [Más tarde Smith-Agreda lo convertiría en un precioso y caro libro]. Algún día le dedicaré una entrada a este libro.

Un claro ejemplo de esto es Visible Body. Aporta una visión completa del cuerpo humano sin la utilización de programas externos, solo utilizando el navegador. [Según exponen en su página web se puede utilizar con cualquier navegador, a mi sólo me funciona con Internet explorer.]

Para ver su funcionamiento la página aporta tres formas de prueba. Los videos, una demo [Sólo presenta la cabeza], y un periodo de prueba. En este último caso os tenéis que registrar bajo una licencia individual y posteriormente ellos os mandan un correo con el que podéis probar el servicio durante siete días.

Un ejemplo de lo que os digo:



A priori, puede pecar de poco específico y detallado. Pero siempre es una buena herramienta a niveles más básicos.

Diente

Un diente visto desde muy cerca.

GoPubMed. Otro buscador sobre Pubmed.

Con la llegada de la Web 2.0, han aparecido una gran cantidad de servicios con el propósito de hacer la vida más simple y fácil a los profesionales de la salud. Herramientas como NextBio [Por ahora la más completa], NovoSeek, Semedico y ahora Go PubMed van inundando el mercado de la información sobre la salud utilizando una misma fuente, el omnipotente y grandioso PubMed [Oh, señor, te adoramos].

Son servicios que se caracterizan por su simplicidad de formas, calidad visual, y forma de presentar los resultados. Y es que la interfaz de Pubmed, a pesar de ser un clásico, se está quedando algo anticuada, aunque su capacidad de búsqueda acompañada de conocimientos sobre lógica booleana, sea mucho más eficaz que la de estos nuevos buscadores.

Gopubmed es un proyecto creado por la Universidad Técnica de Dresde, Alemania, en el grupo del Profesor Michael Schroeder en conjunto con Transinsight.

Es un buscador basado en ontologías, en conocimientos, por lo que las palabras clave de la búsqueda nos devuelven unos resultados clasificados según el MeSH (tesauro que cubre términos biomédicos y relacionados con la salud) y GeneOntology (vocabulario jerárquico sobre biología molecular). [1]

El servicio se divide en tres partes un buscador en Web que denominan como Goweb, el ya citado Gopubmed que funciona con la base de datos de Pubmed y Go3Web que ofrece información sobre experimentos realizados sobre animales.

Los tres utilizan la misma interfaz y los resultados son presentados de la misma forma, por ello pasaremos a decribirlos de forma conjunta:

La interfaz muestra a la derecha de la pantalla los resultados obtenidos y a la izquierda un menú de opciones dividido en cuatro categorias que son :

What. En el cual se nos presentan los principales filtros que se le pueden aplicar a la búsqueda previamente realizada. Dentro de los filtros se puede observar que aparecen al principio un grupo de bloques desplegados, son los que más afinidad y relación muestran con la búsqueda realizada. En la parte inferior aparecen grandes bloques de materias, que a priori están sin deplegar, son filtros que tienen menos relación con la búsqueda realizada.

Los filtros contienen una casilla grísacea a su derecha. Ésta puede ser pulsada para añadirles como filtro [Operador Y], o pulsando dos veces para omitir los resultados que los contengan [operador NO]

Who. Se presentan los principales investigadores que han desarrollado proyectos o han escrito artículos sobre el tema que se está investigando. Si buscamos algún autor nos aparecera su nombre, su procedencia, y los departamentos en los que ha investigado. [Aunque cuidado, Cordero del Campillo, aparece como mexicano. No obstante, se pueden rectificar los datos y añadir nuevos lo que mejora la biografía del autor]

Where. Específica los lugares donde se han publicados los artículos. En el caso de la Web aparecen los principales dominios. También permite filtrar por ellas, y buscar revistas específicas.

When. Fecha en la que se publican los artículos.

Si nos fijamos en los resultados la interfaz nos ofrece:

Titulo, Autores, Título de la revista, años, resumen, proteinas [Busca en Uniprot], Wiki [Palabras claves referenciadas en la Wikipedia], Afiliación de los autores. El clip que se situa a la izquierda nos permite guardar resultados e importarlos posteriormente en diferentes formatos.

Esto se puede ver más claro en el siguiente ejemplo:



Otro elemento a destacar de la interfaz de búsqueda es la pestaña de estadísticas, que nos ofrece mapas de los Colegios Invisibles, Gráficos de publicación y mapas para una mejor presentación de los resultados; y la búsqueda avanzada, que además de las búsquedas especiales, nos permite buscar en alemán.

Hemos realizado algunas pruebas con él, y se puede destacar como curiosa la siguiente búsqueda en el apartado de Go Web [Búsqueda]. [Para probar buscadores utilizo por defecto esa palabra, no tenía ni idea de que iba a salir eso]. Otras búsquedas

Como los proyectos, ya anteriormente dichos, también dispone de una versión profesional.

Por si tenéis alguna duda os dejo un fantástico vídeo que se puede encontrar en la página

Buscando libros. (I)

Estas dos últimas semanas he estado algo ocupado y no he podido actualizar, como me propuse en el principio, al realizar este blog. No obstante, ahora que empieza el verano y que los días son más largos intentaré actualizar con mayor celeridad.

Realizar investigaciones históricas siempre conlleva la búsqueda de libros en los que cotejar teorías, argumentaciones, o ver el estado de la cuestión en un determinado periodo temporal. Desde hace años se esta trabajando en el volcado de libros en la red.

En la actualidad, se están realizando ímprobos trabajos de digitalización que facilitan de forma clara, el estudio de los documentos. Se trata de crear unas nuevas Bibliotecas Digitales. El ejemplo más claro de estos proyectos es Google Books, que aunque está realizado para tener acceso o todo tipo de documento, se declara útil a la hora de buscar documentos históricos.

El proyecto de Google Books no sólo se materializa en la digitalización de la imagen, sino que las transfiere a un OCR para extraer su contenido y facilitar la búsqueda a través del texto. [A veces, cuando se te ha olvidado copiar determinada cita de un libro, esto se convierte en una bendición]

No obstante, existen muchos más servicios que nos pueden facilitar el acceso a obras digitalizadas. [Siempre es bueno alejarse del Gran Hermano]. A continuación haré una pequeña lista.

De Carácter General.

• Internet Archive. Se trata de un proyecto que intenta recoger todos los recursos de la Web, debido a que ésta es muy inestable y de rápida obsolescencia. Además de aportar documentos, también es muy útil para encontrar documentos sonoros y audiovisuales.
• Directorio y recolector de recursos digitales (Ministerio de Cultura y Comunidades Autónomas). En él se encuentran los principales proyectos de digitalización que se están llevando en las diferentes comunidades autónomas como la Biblioteca Virtual de Andalucia, o la Biblioteca Digital de Madrid [Aunque su dirección es Biblioteca Virtual de Madrid]
• Biblioteca Digital Hispánica. Acceso a las principales obras digitalizadas de la Biblioteca Nacional de España.
• Gallica. Acceso a las principales obras digitalizadas de la Biblioteca Nacional de Francia. [Esta Biblioteca es una mina]
• OnlineGallery. Proyecto de digitalización la British Library. [Es un portal con demasiado marketing, ¿Google no os ha enseñado nada? La simplicidad es la clave]
• Europeana. Acceso a los principales recursos digitalizados del continente europeo. [Aunque muestre todavía algunos problemas]
• Biblioteca Digital Vasca. Para la difusión del patrimonio cultural vasco.
• Biblioteca Virtual Constitución 1812. Colección legislativa que permite el estudio del periodo de la ilutración y los inicios constitucionales de España.
• Biblioteca Virtual Galega. Para la difusión del patrimonio Gallego.
• Códices Electronicos Sangallensis. Proyecto alemán para la digitalización de códices. La calidad de la visualización es de las mejores que existen en la actualidad.
• Historical Literature of Agriculture. Realizado con los fondos existentes en la Universidad de Cornell
• Hargrett Rare Books. Pequeña Colección de Libros Raros sobre las más diversas temáticas.
• Dioscorides. Proyecto de digitalización de los libros contenidos en la Universidad Complutense. En la actualidad, sus contenidos también se encuentran en Google Books, pero ofrecen mejores calidades en su visualización.
• Colección de Legislación de la Universidad de Sevilla.
• Biblioteca de Obras raras de Sao Paulo
• The University of Chicago. Digital Collections

De carácter específico. Medicina, Farmacia, Veterinaria.

• Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico (CSIC). Además de incorporar digitalizaciones propias, aportan digitalizaciones de otros servicios

Medicina.

• Medic@. Contiene 5700 textos íntegros de Historia de la medicina y sus instituciones.
• Medicina Legal.

Veterinaria

• Fondo Antiguo de la Escuela de Lyon. Se puede buscar por Iconografía, lo que siempre es útil.

Hemerografía.

• Biblioteca Virtual de Prensa Histórica .
• Hemeroteca Digital. Biblioteca Nacional de España.