Pubmed se renueva

Pubmed ha tomado un nuevo diseño más innovador, como siempre digo en este blog, San Google todos queremos ser niños como tú, y es que ha disminuido de forma clara la cantidad de información que se ofrecía en la página de entrada, para crear un diseño más minimalista atendiendo a los tiempos que corren.

Supongo que éste como cualquier cambio llevará las consabidas críticas. No obstante, creo que era un paso que había que realizar. [Voy a echar de menos las pestañitas para limitar resultados]

Además de el cambio de apariencias PubMed aparecen nuevos cambios como el “Also Try“, “Auto Suggest” y “Titles with your Search Terms” dentro del interfaz de resultados. Si bien, intenta ser más dinámica con estas opciones no llega a las opciones que dan otros productos como Nextbio, Novoseek, u otros de la misma quinta. Otras novedades están relacionadas con los formatos de salida. En lugar de AbstractPlus y Citation, sólo se ofrecerán tres formatos: Summary, Abstract y MEDLINE. El formato Abstract combinará aspectos de los dos que van a desaparecer tales como los descriptores MeSH y artículos relacionados.[1]

Y es que los informáticos le han cambiado hasta el favicon.

He aquí el resultado. [O dicho de otro modo, He aquí tu siervo Sangoogle. Me he renovado a tu imagen y semejanza]

http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Algunos ya realizan pequeños esquemas para orientarse en la nueva interfaz

MEDIE. La mineria de datos sobre Medline.

Como ya comenté en anteriores entradas, la minería datos es un conjunto de procesos que ayudan a extraer información sobre la información, es decir usando las características de la Inteligencia Artificial poder extraer de manera mucho más eficiente la información contenida dentro de los documentos, en el caso del que vamos hablar ahora, de Pubmed/Medline.

Medie es un motor de búsqueda semántica "inteligente" que recupera correlaciones biomédicas entre 18,627,642 (Actualizado el 27 de Agosto de 2009) artículos de MEDLINE. Se pueden encontrar resúmenes y frases en MEDLINE mediante la especificación de frases sencillas, como por ejemplo, ¿Que activa la proteína p53?

Esta realizado por Jun'ichi Tsujii y su equipo y aunque a priori parece una herramienta muy útil hay muchos documentalistas que aun discrepan de su utilidad, o de su efciencia.

Medie permite interactuar con él a través de tres formas como Sujeto, verbo o Complemento Directo. La correlación entre verbo y alguno de los otros dos terminos es necesario.(Obvio, claro)

Buscando libros (II)

Muchas veces nos encontramos ante la tesitura de encontrar algún libro que no se encuentra bajo dominio público, pero que por necesidades de la investigación, tenemos que recurrir al mismo de manera inmediata. En estos casos, lo más fácil sería recurrir a una biblioteca que lo tuviese y nos solucionara el problema.

Y aunque en teoría, lo que acabo de decir suena a maravilla, no suele ser lo que ocurre todas las veces. Algunas veces te encontrar que el dichoso documento se encuentra en una Biblioteca a 800 kilómetros de donde vives y que aunque el préstamo interbibliotecario se inventó para eso, no te soluciona el problema para mañana.[Posiblemente te lo solucionará en una semana como mínimo.] A veces no tienes suerte, y el libro que buscas se encuentra dentro de los fondos de la Universidad de Berkeley, con una edición muy limitada, y tus posibilidades de acceso físico al mismo se resumen en ninguna.

También es sabido por todos que los libros de la salud van forrados con láminas de oro, lo que hace que los precios de algunos libros sean bastante altos, y en los que la economia del estudiante se enfrenta a duras visicitudes. [Belorcio o tomarme unas cañas, Belorcio o tomarme unas cañas. Siempre gana Belorcio, amigos].

Con todo esto quiero decir, que muchas veces hay que conseguir los libros de forma gratuita y rápida, la piratería no es algo que me agrade, pero en mi orden ético de valores, la difusión de la cultura y el conocimiento gana de manera clara a cualquier supuesto hecho delictivo de apropiarme indebidamente de los libros de otro, sin aportarle ninguna remuneración económica.

Para los libros más usuales. Los de uso más frecuente recomiendo:

Libros de Medicina

• Libros de Medicina
• El blog de Heman. Kinesiologia. [Entre muchísima mierda, existen enlaces a libros de medicina recomocidos. No os asustéis.]
• Libros Medicos

Libros de Veterinaria.

• Actiweb
• Pogogas
• Taringa. Libros para veterinarios

Para encontrar libros de uso menos frecuente, y por tanto más difíciles de encontrar, yo recomiendo:

• Passfans

Passfans es un foro chino en el que se republican en versión electrónica la mayoría de los libros universitarios que salen al mercado en Norteamérica. Como podréis adivinar el sitio sólo acepta como legua el inglés y funciona con un sistema de créditos.

El sistema de créditos es complicado, ya que por cada post que publiques y las veces que sea agradecido recibes una serie de créditos lo que más tarde te permite ver secciones, o comprarles libros digitalizados a otros usuarios. De este modo garantizan que todo el mundo aporte algo al foro.

Y todo esto sin poner libros de medicina gratis o libros de veterinaria gratis.

Estudiando Anatomia.

Quizá llegué un poco tarde y los exámenes ya hayan pasado, aunque siempre queda septiembre para que estudiantes, curiosos y morbosos varios, puedan disfrutar un poco con la anatomía del cuerpo humano.

Y es que esos grandes amigos como son el Sobotta [El libro con más links en torrents o Rapidshare. Es más fácil encontrarlo pirta que original.], el Escolar, o el Rohen Yokochi [o konichimichi, como he oído a alguna decir] son demasiado sosos, pecan de petardos, y a decir verdad, serían personajes a los que no llamaría para irme a tomar unas cañas. Bromas aparte, la enseñanza de la anatomía pasa por elementos más interactivos y menos estáticos. Un claro ejemplo de ello, fue esa pequeña aportación de José Escolar García , cuando al mundo anatómico; el conocido Belorcio [Más tarde Smith-Agreda lo convertiría en un precioso y caro libro]. Algún día le dedicaré una entrada a este libro.

Un claro ejemplo de esto es Visible Body. Aporta una visión completa del cuerpo humano sin la utilización de programas externos, solo utilizando el navegador. [Según exponen en su página web se puede utilizar con cualquier navegador, a mi sólo me funciona con Internet explorer.]

Para ver su funcionamiento la página aporta tres formas de prueba. Los videos, una demo [Sólo presenta la cabeza], y un periodo de prueba. En este último caso os tenéis que registrar bajo una licencia individual y posteriormente ellos os mandan un correo con el que podéis probar el servicio durante siete días.

Un ejemplo de lo que os digo:



A priori, puede pecar de poco específico y detallado. Pero siempre es una buena herramienta a niveles más básicos.

Diente

Un diente visto desde muy cerca.

GoPubMed. Otro buscador sobre Pubmed.

Con la llegada de la Web 2.0, han aparecido una gran cantidad de servicios con el propósito de hacer la vida más simple y fácil a los profesionales de la salud. Herramientas como NextBio [Por ahora la más completa], NovoSeek, Semedico y ahora Go PubMed van inundando el mercado de la información sobre la salud utilizando una misma fuente, el omnipotente y grandioso PubMed [Oh, señor, te adoramos].

Son servicios que se caracterizan por su simplicidad de formas, calidad visual, y forma de presentar los resultados. Y es que la interfaz de Pubmed, a pesar de ser un clásico, se está quedando algo anticuada, aunque su capacidad de búsqueda acompañada de conocimientos sobre lógica booleana, sea mucho más eficaz que la de estos nuevos buscadores.

Gopubmed es un proyecto creado por la Universidad Técnica de Dresde, Alemania, en el grupo del Profesor Michael Schroeder en conjunto con Transinsight.

Es un buscador basado en ontologías, en conocimientos, por lo que las palabras clave de la búsqueda nos devuelven unos resultados clasificados según el MeSH (tesauro que cubre términos biomédicos y relacionados con la salud) y GeneOntology (vocabulario jerárquico sobre biología molecular). [1]

El servicio se divide en tres partes un buscador en Web que denominan como Goweb, el ya citado Gopubmed que funciona con la base de datos de Pubmed y Go3Web que ofrece información sobre experimentos realizados sobre animales.

Los tres utilizan la misma interfaz y los resultados son presentados de la misma forma, por ello pasaremos a decribirlos de forma conjunta:

La interfaz muestra a la derecha de la pantalla los resultados obtenidos y a la izquierda un menú de opciones dividido en cuatro categorias que son :

What. En el cual se nos presentan los principales filtros que se le pueden aplicar a la búsqueda previamente realizada. Dentro de los filtros se puede observar que aparecen al principio un grupo de bloques desplegados, son los que más afinidad y relación muestran con la búsqueda realizada. En la parte inferior aparecen grandes bloques de materias, que a priori están sin deplegar, son filtros que tienen menos relación con la búsqueda realizada.

Los filtros contienen una casilla grísacea a su derecha. Ésta puede ser pulsada para añadirles como filtro [Operador Y], o pulsando dos veces para omitir los resultados que los contengan [operador NO]

Who. Se presentan los principales investigadores que han desarrollado proyectos o han escrito artículos sobre el tema que se está investigando. Si buscamos algún autor nos aparecera su nombre, su procedencia, y los departamentos en los que ha investigado. [Aunque cuidado, Cordero del Campillo, aparece como mexicano. No obstante, se pueden rectificar los datos y añadir nuevos lo que mejora la biografía del autor]

Where. Específica los lugares donde se han publicados los artículos. En el caso de la Web aparecen los principales dominios. También permite filtrar por ellas, y buscar revistas específicas.

When. Fecha en la que se publican los artículos.

Si nos fijamos en los resultados la interfaz nos ofrece:

Titulo, Autores, Título de la revista, años, resumen, proteinas [Busca en Uniprot], Wiki [Palabras claves referenciadas en la Wikipedia], Afiliación de los autores. El clip que se situa a la izquierda nos permite guardar resultados e importarlos posteriormente en diferentes formatos.

Esto se puede ver más claro en el siguiente ejemplo:



Otro elemento a destacar de la interfaz de búsqueda es la pestaña de estadísticas, que nos ofrece mapas de los Colegios Invisibles, Gráficos de publicación y mapas para una mejor presentación de los resultados; y la búsqueda avanzada, que además de las búsquedas especiales, nos permite buscar en alemán.

Hemos realizado algunas pruebas con él, y se puede destacar como curiosa la siguiente búsqueda en el apartado de Go Web [Búsqueda]. [Para probar buscadores utilizo por defecto esa palabra, no tenía ni idea de que iba a salir eso]. Otras búsquedas

Como los proyectos, ya anteriormente dichos, también dispone de una versión profesional.

Por si tenéis alguna duda os dejo un fantástico vídeo que se puede encontrar en la página

Buscando libros. (I)

Estas dos últimas semanas he estado algo ocupado y no he podido actualizar, como me propuse en el principio, al realizar este blog. No obstante, ahora que empieza el verano y que los días son más largos intentaré actualizar con mayor celeridad.

Realizar investigaciones históricas siempre conlleva la búsqueda de libros en los que cotejar teorías, argumentaciones, o ver el estado de la cuestión en un determinado periodo temporal. Desde hace años se esta trabajando en el volcado de libros en la red.

En la actualidad, se están realizando ímprobos trabajos de digitalización que facilitan de forma clara, el estudio de los documentos. Se trata de crear unas nuevas Bibliotecas Digitales. El ejemplo más claro de estos proyectos es Google Books, que aunque está realizado para tener acceso o todo tipo de documento, se declara útil a la hora de buscar documentos históricos.

El proyecto de Google Books no sólo se materializa en la digitalización de la imagen, sino que las transfiere a un OCR para extraer su contenido y facilitar la búsqueda a través del texto. [A veces, cuando se te ha olvidado copiar determinada cita de un libro, esto se convierte en una bendición]

No obstante, existen muchos más servicios que nos pueden facilitar el acceso a obras digitalizadas. [Siempre es bueno alejarse del Gran Hermano]. A continuación haré una pequeña lista.

De Carácter General.

• Internet Archive. Se trata de un proyecto que intenta recoger todos los recursos de la Web, debido a que ésta es muy inestable y de rápida obsolescencia. Además de aportar documentos, también es muy útil para encontrar documentos sonoros y audiovisuales.
• Directorio y recolector de recursos digitales (Ministerio de Cultura y Comunidades Autónomas). En él se encuentran los principales proyectos de digitalización que se están llevando en las diferentes comunidades autónomas como la Biblioteca Virtual de Andalucia, o la Biblioteca Digital de Madrid [Aunque su dirección es Biblioteca Virtual de Madrid]
• Biblioteca Digital Hispánica. Acceso a las principales obras digitalizadas de la Biblioteca Nacional de España.
• Gallica. Acceso a las principales obras digitalizadas de la Biblioteca Nacional de Francia. [Esta Biblioteca es una mina]
• OnlineGallery. Proyecto de digitalización la British Library. [Es un portal con demasiado marketing, ¿Google no os ha enseñado nada? La simplicidad es la clave]
• Europeana. Acceso a los principales recursos digitalizados del continente europeo. [Aunque muestre todavía algunos problemas]
• Biblioteca Digital Vasca. Para la difusión del patrimonio cultural vasco.
• Biblioteca Virtual Constitución 1812. Colección legislativa que permite el estudio del periodo de la ilutración y los inicios constitucionales de España.
• Biblioteca Virtual Galega. Para la difusión del patrimonio Gallego.
• Códices Electronicos Sangallensis. Proyecto alemán para la digitalización de códices. La calidad de la visualización es de las mejores que existen en la actualidad.
• Historical Literature of Agriculture. Realizado con los fondos existentes en la Universidad de Cornell
• Hargrett Rare Books. Pequeña Colección de Libros Raros sobre las más diversas temáticas.
• Dioscorides. Proyecto de digitalización de los libros contenidos en la Universidad Complutense. En la actualidad, sus contenidos también se encuentran en Google Books, pero ofrecen mejores calidades en su visualización.
• Colección de Legislación de la Universidad de Sevilla.
• Biblioteca de Obras raras de Sao Paulo
• The University of Chicago. Digital Collections

De carácter específico. Medicina, Farmacia, Veterinaria.

• Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico (CSIC). Además de incorporar digitalizaciones propias, aportan digitalizaciones de otros servicios

Medicina.

• Medic@. Contiene 5700 textos íntegros de Historia de la medicina y sus instituciones.
• Medicina Legal.

Veterinaria

• Fondo Antiguo de la Escuela de Lyon. Se puede buscar por Iconografía, lo que siempre es útil.

Hemerografía.

• Biblioteca Virtual de Prensa Histórica .
• Hemeroteca Digital. Biblioteca Nacional de España.

Buscando Documentos. (I)

Como algunos de los que me leen ya saben, yo principalmente me dedico a la búsqueda de documentación antigua, para la realización de la historia, esto es algo a veces muy gratificante, pero a veces es desesperante como me ha ocurrido en los últimos meses. Así que hoy intentaré realizar una aproximación a este tema, que ahora estoy bastante puesto.

A la hora de realizar una búsqueda documental histórica, la única forma de llegar a fuentes fidedignas es pasar por los archivos. Por ahora, lo normal es que no estén digitalizados y tengas que ir visitando los diferentes archivos uno a uno. Las archiveras (Son mayoría) suelen ser muy amables y ayudan bastante a ubicarte en el archivo. A parte de eso tenemos otras herramientas con fondos digitalizados como:

-Pares (Portal de Archivos Españoles. base de datos de documentos de los archivos estatales)
-Hispana (Directorio y recolector de recuros digitales)

En mi caso, mi jefe me ha propuesto para mi tesis a Bernardo Rodríguez, para el que no lo conozca, el primer veterinario español. La documentación que existe sobre el mismo, es parcial y además no hay por donde cogerla. Lo que nos obliga a empezar desde la base.

Al buscar en Pares e Hispana, me ha salido un único registro sobre el caballero. (Por propia experiencia, os diré que no os fieis mucho. Yo me pegue un buen viaje hasta el Archivo Histórico Nacional para el final maldecir a un archivero que no sabía distinguir entre un muerto y el que firma la muerte, en este caso Bernardo Rodríguez)

Los archivos de protocolos son una buena fuente a explorar siempre. Los testamentos son fuentes de información vital muy importantes. En mi caso, de no tener nada de que fiarse, llego a los datos de toda su familia padres e hijos. Esto es muy importante, ya que a partir de ello tendremos que ir hilando una historia de sus padres e hijos. En mi caso, por ejemplo, pase de tener "Bernardo Rodríguez" a "Bernardo Rodríguez, hijo de Carlos Rodríguez y Bernarda Marinas, casado con María Soulage y con dos hijos Josef Rodríguez Soulage y Juan Antonio Rodríguez Soulage"

Esto nos permite extender nuestra búsqueda de manera clave para mejorar nuestro "Estado anómalo del conocimiento". En mi caso, me permitiendo encontrar su partida de nacimiento, ahora sé que es de Valladolid, poderes que nos indican sus relaciones, codicilios que nos han permitido ver cambios de voluntades (Buscadlo, en mi caso sirvió de mucha ayuda), otros testamentos, donaciones, etc...

Un consejo profesional, os recomiendo continuar buscando en el mismo notario. El hombre suele ser animal de costumbres.

El nuevo buscador Wolphram

Muchos autores, y con razón, tachan a este nuevo buscador como la revolución en Internet, el luchador que knockeará al por ahora invencible Google. Y es que el concepto desde el que parte es innovador dentro de internet, abandona la navegación para ofrecer respuestas directas. Es decir, Wolphram Alpha , es muy diferente de Google y realmente no compite directamente con él en absoluto. En lugar de buscar en la web para obtener información, Wolphram se articula en torno a un gran repositorio de datos de acceso público y las fuentes autorizadas. Alfa calcula entonces y organiza este conocimiento con la ayuda de sofisticados algoritmos de Procesamiento del Lenguaje Natural.[1] [Recuerdo aquella película de Steven Spilberg llamada Inteligencia Artificial en la que el niño robot preguntaba y el sabio ofrecía respuestas]

Se trata de un proyecto por desarrollado por Stephen Wolphram basado en Mathematica, uno de los programas científicos más avanzados para el desarrollo de ecuaciones y problemas, bajo el modelo de computación simbólica. Es decir, ha llevado aquella rama que comenzó Shannon hace 60 años, para llevarla hasta su máxima expresión. Y ya lo avisaba cuando publicó su libro " Un nuevo tipo de ciencia" en el que explicaba que todo fenómeno natural podía ser explicado a través de números y modelos matemáticos. [Siempre he dicho que la carrera de documentación, ahora grado de información, debería tener una asignatura troncal de matemáticas [I y II] y otra de estadística. Pero no se pone, porque los niños después se cabrean y no entran en la carrera]

Aplicaciones a los campos de las Ciencias de la Salud.

A primera vista, no aporta nada de información nueva a las búsquedas realizadas. Al apoyarse en fuentes de información contrastada y públicas, suele ser información de carácter general en cada una de las especialidades, pero que permite encontrar información de los más variados temas en un tiempo relativamente breve.

Dentro de las búsquedas a realizar podemos ver [Por temas] :

Genoma y Biologia Molecular: Se puede buscar una cadena de ADN, buscar información sobre un cromosoma determinado, analizar y localizar un gen o saber sus propiedades, analizar biomoléculas, proteínas.



Biología. Animales y Plantas: Nos proporciona información sobre animales o plantas como su nombre científico, su ordenación taxonómica y datos como su pero y tamaño aproximado.

Medicina: [Como ya comentamos no aporta nada nuevo, pero ofrece información de forma muy rápida y de fuentes contratadas.] Nos permite saber a través del peso de una persona su Índice de Masa Corporal, compararlo con estadísticas, su tasa de metabolismo basal, las propiedades de sus órganos, o la cantidad de liquido media que puede albergar el cuerpo.
También alberga información sobre posibilidades de sufrir enfermedades, que además pueden ser consultadas por el CIE-9 y las capacidades de algunos medicamentos contra las mismas.[Podrían actualizar con el CIE-10.]
Ofrece gran cantidad de información sobre estadísticas acerca de tasas de mortalidad por paises o enfermedades, ensayos clínicos, salud pública.
Además de esto tiene elementos más banales como tasas de alcohol o aproximaciones a la fechas de parto [¿Seguirá la regla de Naegele?]

Alimentación: Aproxima las cantidades de calorías por alimentos o conjuntos de alimentos o da las cantidades recomendadas de diferentes elementos como calcio, vitaminas, [Lo normas, vamos]

C-17. El catálogo de publicaciones periódicas.

Hasta ahora, las herramientas que hemos descrito, refieren a buscadores bibliográficos que nos dan la cita del artículo, a veces nos permiten su acceso a texto completo, pero la mayoría de las veces, esto no es así. (La pela es la pela, y en el mundo de la información más. No os engañeís, en Internet nada es gratis por mucho "free" que ponga)

Cuando no es así, la mayoría de las veces toca buscarse la vida e ir buscando por diferentes catálogos las revistas de nuestras citas. A partir de 1996 se crea un catálogo colectivo que permite la búsqueda en diferentes Instituciones de ámbito médico llamado C-17.

El C-17, bastante conocido y manido por los profesionales de la información en Salud, integra las revistas de temática sanitaria (en especial medicina clínica) de 531 bibliotecas en hospitales, universidades y centros de investigación existentes en las 17 comunidades autónomas de España que constituyen la práctica totalidad de las que disponen de colecciones de interés para el sector sanitario. En la actualidad contiene más de 16.000 títulos.

Además de ser una herramienta para localizar revistas y aprovechar mejor los recursos existentes en nestro país, el C-17 es un buen inventario de revistas, de bibliotecas especializadas en ciencias de la salud, muy interesante para los bibliotecarios como referencia y para guiar su política de adquisiciones.

Las normas utilizadas para la presentación de fondos, la mayoría de ellas, son las usuales utilizadas en cualquier biblioteca para la publicación de publicaciones periódicas.

1. Para cada biblioteca existen dos lineas diferenciadas que muestran la colección en papel y la electrónica a un título. La colección en papel aparece en la línea superior, en azul y letra redonda. La colección electrónica apareceen segundo lugar, en color rojo, letra cursiva, indicando, entre paréntesis el período de embargo en meses, si es que la colección tiene esa limitación
2. La colección de cada título en cada biblioteca, va precedida de una clave que consta de dos partes, la primera parte formada por una o dos letras, corresponde al código de la provincia en que se encuentre (el que figura en la antigua matrícula de los vehículos de dicha provincia). La segunda parte es propiamente la clave de la biblioteca y puede constar de hasta siete letras; se intenta que sea nemotécnica o siga ciertas reglas, como que las correspondientes a hospitales empiecen por H y las de Universidades por U.
3. El guión [-] tiene dos funciones, cuando va entre dos años, indica continuidad de la colección entre esos años. Cuando el guión está detrás del último año que figura, indica que desde ese año la colección se continúa recibiendo ininterrupidamente según van publicándose los fascículos.
4. La coma [,] expresa interrupción de la colección entre los años separados por ella.
5. Los paréntesis [( )] encierran los años en que la colección está incompleta. Una colección puede estar incompleta un año, o un periodo de mas de un año.
6. El punto [.] al final de una colección indica que la suscripción a esa revista se ha suspendido el año que precede al punto, o que ha dejado de publicarse.[1]

Una vez, conocidas las ubicaciones de las revistas, podemos dirigirnos a las diferentes Bibliotecas a pedir nuestros artículos. Las bibliotecas participantes en el C17 no facilitan copia del documento original a particulares. Por lo tanto, para conseguir un artículo hay que ponerse en contacto con su biblioteca y ésta tramitará su solicitud. [Con la nueva versión la biblioteca le puede dar de alta un usuario y realizar la petición por uno mismo]

Al igual que esta iniciativa, se han comenzado otros catálogos colectivos en otros paises de habla hispana, como por ejemplo Cuba y su proyecto Secimed

NextBio y NovoSeeK se renuevan.

Éste es un blog con poco tiempo, sólo hace falta ver la cantidad, calidady frecuencia de actualización del mismo, peor de lo que uno esperaba. No dispongo de mucho tiempo, pero como decía San Isidro "Aré lo que pudé".

No obstante, siempre es una sorpresa agradable encontrarse que las herramientas que aqui se citan, se renuevan y mejoran, dando una mayor fiabilidad a estos nuevos buscadores médicos. Son casos como el de NextBio -Empresa Californiana- y NovoSeek -Empresa Española-.

NextBio ha renovado su interfaz [captura] abandonando su simplicidad, para favorecer de manera clara, la imagen de la compañia que hay tras el buscador. Gracias a ello, podemos observar que la compañia además del servicio básico nos ofrece un servicio profesional y otro para compañias, además de extenderse a otras plataformas como el Iphone o establecer puestos de trabajo con todo lo relativo al buscador.

También se ha renovado la interfaz de resultados [captura], en mi opinión mucho más complicada que la anterior.

En cuanto a NovoSeek ha realizado un cambio mucho más profundo dentro de su buscador, y es que a partir de ahora permite realizar búsquedas sobre texto completo (En realidad, lo que se produce es un proceso de Mineria de datos sobre los artículos, extrayendo todo aquello que se pueda considerar relevante.) en revistas open- access.

Además, aunque esto ya se pedía desde hace tiempo, se han incluído dentro del buscador los contenidos existentes en PubMed Central. Es decir, extienden su buscador sobre 140.000 nuevas referencias, y añaden otras 1000 referencias diarias.

En conclusión, se añaden al buscador nuevas referencias en las que se puede buscar a texto completo, mejorando de forma notable los resultados.

Fuentes. [1], [2]

Novo|seek. Un nuevo buscador biomédico.

Novo|seek es uno de los mejores productos que por ahora he probado. Más allá de sus características que más tarde mencionare, tienen una gran capacidad de innovación y aunque su refinamiento de búsquedas todavía no lo considere completo, están trabajando muy bien dentro del proyecto.

Este buscador nace como carta de presentación de la empresa Bioalma. Primera empresa española que dedica todo su potencial en exclusiva al desarrollo de biotecnología vinculada a la documentación biomédica.

Novo|seek, a pesar de su interfaz en inglés, apoyándose en Medline sería una paradoja entre resultados y página (Relación contenido y contienente que me enseñaron a mí en bachillerato) permite realizar búsquedas a partir de 3 millones de conceptos médicos, recuperar a través de los mismos, aunque estén insertos; resaltar los conceptos claves de la búsqueda dentro del resumen del documento, filtrar la búsqueda (De manera fácil, pero a veces insuficiente). la posibilidad de búsqueda avanzada (Siempre se agradece), múltiples vistas en los resultados de la consulta. La realización de una búsqueda se puede ver en el sigueinte video:

Los filtros se añaden de forma muy fácil, estos son creados a partir de los resultados de la búsqueda lo que genera un alto grado de afinidad con la búsqueda y la consiguiente facilidad de adicción. Si necesitáramos establecer una relación booleana entre dos términos menos afines recurriríamos a la búsqueda avanzada que ya comente antes. (Quien iba a decir hace 80 años que el chagas estaba relacionado , en cierta manera, con los síncopes cardiacos ¿verdad?). Ejemplo de Búsqueda avanzada

Los resultados de la búsqueda se ordenan por fecha o relevancia ( La relevancia se adquiere según el número de veces que aparece el concepto buscado en el resumen del artículo.)

Realizando una búsqueda:

Nuestro investigación se realiza sobre una paciente embarazada con VIH Realizamos una búsqueda sobre Toxoplasmosis y VIH y nos ofrece 1300 resultados que se pueden ir filtrando a partir de la barra lateral, en unos 35 segundos hemos filtrado la búsqueda hasta 4 resultados. Tres de ellos a texto completo.

En cuanto al aspecto empresarial del proyecto, por ahora según parece están sufragando gastos con publicidad de adsense, aunque en un futuro no duda en ofrecer una versión profesional del mismo.

Como sugerencia, yo añadiría la capacidad de buscar por grupos de investigación o entidades y, sobre el orden de presentación de los resultados, no puedo aportar nuevas ideas, pero los sistemas estadísticos nunca me han llegado ha convencer, aunque sepa de su utilidad.

Las campañas de vacunación.

Gran vídeo sobre la prevención, a través de las vacunas. Aunque no sé si pienso más en la vacuna o que el niño es un demonio.

La Gripe Porcina en mapas.

El virus H1N1 se extiende de forma global. La OMS ha declarado la epidemia. Vamos a ver una serie de herramientas que nos pueden ayudar a tener una información rápida y veraz sobre lo que está ocurriendo y como avanza progresivamente.

H1N1 en Google Maps.

View H1N1 Swine Flu in a larger map

H1N1 en Wikipedia. Información de gran relevancia, es la fuente que aporta datos con mayor celeridad.

H1N1 en Twiter. CDC Atlanta, Healthmap

H1N1 en OMS. Información Oficial

H1N1 en Healthmap.

La Herencia de Medline.

Como ya he comentado en anteriores entradas, PubMed es una de las herramientas más útiles dentro de la Documentación Biomédica. Sus bases de datos aportan mucha información a nivel internacional, lo que provoca que sea una referencia de visita obligada para cualquier médico o profesional de la salud que se precie.

No obstante, tanta información, muchas veces, provoca grades cantidades de ruido y se producen grandes pérdidas de tiempo introduciendo múltiples consultas y operadores hasta obtener unos resultados que satisfagan las necesidades de información. A raíz de esto, y como ya hemos visto anteriormente, nacen unos buscadores especializados en la búsqueda en Medline.

Semedico es un buscador creado por el Laboratorio de Ingeniería del Lenguaje e información (JULIE) de la Universidad Friedrich Schiller de Jena en cooperación lel Instituto de Medicina de transfusiones, en la Escuela Médica de Hannover.

La aplicación a la hora de las búsquedas aporta un autocompletado, en la que se aportan sugerencias y sinónimos; y memoriza las anteriores consultas lo que facilita la sugerencia de términos. Ejemplo: Si estamos buscando por toxoplasmosis en el feto, la primera búsqueda con la palabra toxoplasmosis nos ofrecerá todo lo referido a esta zoonosis, pero en una segunda consulta cuando introduzcamos fetal...; una de sus primeras sugerencias será fetal toxoplasmosis.

En la interfaz de resultados nos ofrece una barra de sugerencias configurable, nos permite acotar la búsqueda sólo por artículos revisados y en algunos casos da acceso al texto completo del articulo.

Video:

Jugando con las proteinas.

Las proteínas, pequeñas y bellas estructuras que desarrollan múltiples funciones para el cuerpo humano, son unas grandes desconocidas para el público en general. Hay más de 100.000 tipos diferentes, forman cada célula, componen el sistema inmunológico y ajustan la velocidad de las reacciones químicas.

En la actualidad, se sabe la composición de muchas de ellas, pero no se sabe como doblar cada una de ellas hasta crear su estructura compleja, llena de rincones y grietas. El conocimiento de toda la proteína podría ayudar a conocer mejor nuestro organismo, y a reducir el impacto, o incluso curar algunas enfermedades como el VIH/sida, el alzheimer o el cancer.

Para su reconocimiento se están utilizando ordenadores, tanto de las compañías de investigación, como los de voluntarios externos. En el 2005, se crea un programa llamado Rosetta@home, que utiliza el potencial de procesamiento de los ordenadores personales de los voluntarios. A día de hoy llegan a las 200.000 personas, pero que se demuestran insuficientes. Como dice su creador, David Baker, "Los ordenadores trabajan bien sobre pequeñas proteínas, sin embargo en proteínas más complejas, en las que su estructura se hace grande y más grande, los ordenadores quedan obsoletos"

Ante tal vicisitud, se creo el proyecto Fold it. Se trata de buscar la vinculación del usuario del PC al proyecto. Usando la intuición y la deducción del propio usuario; (En mi caso el sistema prueba-fallo; prueba-fallo; prueba-acierto) se consigue una mayor velocidad para la comprensión de las estructuras de las proteínas. Según sus autores, hay adolescentes de 13 años que muestran más pericia que doctores especializados en la materia.




En un futuro, se pretende implementar dentro del programa, el desarrollo de estructuras complejas de proteínas que ayuden al medio ambiente, a neutralizar virus como el VIH o a curar enfermedades como el Alzheimer.

Está disponible en las tres plataformas (Windows, Linux, Mac) y permite jugar en modo red. Al final los jugadores con mayores puntuaciones, es decir que hayan descubierto, o creado un mayor número de proteínas aparecerán en los artículos que publique el grupo investigador.

Aquí os dejo un pequeño tutorial, para que comprendaís como se utiliza.



Enlace: Fold.it

Nextbio. Mejor rendimiento y facilidad de búsqueda

No hace mucho que salió este recurso, pero muestra grandes mejoras frente a otros recursos de carácter más estáticos. Con la llegada de Google se favorecieron unos nuevos diseños más minimalistas, y que fueran más interactivos y más fáciles de usar que sus predecesores como Medline.

Aunque, a priori dichas bases de datos nunca van a desaparecer, ya que el volumen de información tratado, el valor económico invertido en ellas, pero sobre todo su fiabilidad las convierten en herramientas base. Es decir, los nuevos productos que salen al mercado de la nueva web 2.0 se apoyan directamente sobre estos. Son su fuente y en ellas descansa el peso de estos nuevos buscadores, sin mucha publicidad en el mercado.

Un ejemplo de ellos es Nextbio. Es un potente buscador que permite a los investigadores acceso al mundo de información en las ciencias de la salud de manera totalmente gratuita [Se financia con publicidad]. Las búsquedas permiten gran precisión y de una manera fácil e intuitiva. [Es la época de los buscadores de la generación Google]. Además aporta una red social, donde poder integrarse en comunidades de investigación, subir las propias investigaciones y proyectos y encontrar información sobre los denominados "Colegios invisibles".

Los contenidos están basados fundamentalmente en los resultados de diversas bases de datos, sobre todo Medline. Lo que le permite tener un gran acceso gratuito a una multitud de documentos.

El buscador permite búsquedas a través de genética, tejidos, componentes o fármacos y patologías en unas 18 millones de publicaciones científicas del área de salud, y unos 56000 ensayos clínicos. Todas ellas analizadas a través de ontologias, vocabulario controlado, sinónimos y términos relacionados, que permiten hacer búsquedas estructuradas con mayor facilidad.

Realizando una búsqueda:

El cuadro de búsqueda, al poner cualquier palabra nos ofrece una serie de posibilidades basadas en la ontologia que hemos comentado antes.

Una vez realizada la búsqueda, en nuestro caso Chagas [Captura]. En primer lugar nos ofrece una referencia sobre la Enfermedad de Chagas. Dentro de la explicación algunas palabras están en mayúsculas los que no puede ayudar a encontrar otros descriptores afines. En el lado derecho, debajo de las pestañas, se nos ofrece la posibilidad de crear un filtro que mejore nuestros resultados.

Los resultados se dividen en experimentos , que ofrecen estadísticas sobre el origen de los datos, y sobre que organismos se han realizado; literatura científica ofreciendo una nube de etiquetas [A destacar los primeros resultados son de revistas con alto factor de impacto como Nature o Cell]. La mayoría de las veces, para el acceso completo a la revista se necesita la conexión a través de un distribuidos como Science direct, ebsco... En estos casos el cuadradito de Full Acces aparece en gris [captura], si el artículo esta completo de forma gratuita aparecerá en verde[captura].

También disponemos de ensayos clínicos y noticias aparecidas en periódicos especializados.

La comunidad.

La comunidad funciona como cualquier red social, ofreciendo los artículos de cada uno de los usuarios. Es una buena forma de intercambiar opiniones, colaborar y recibir información sobre colegas que están trabajando en la misma línea de investigación.

Youmedic, un "Buscador para el paciente"

A raíz del último post, tuve conocimiento de un nuevo buscador, de iniciativa española, que busca recursos sobre medicina, farmacia y ciencias afines, denominado por los autores como Youmedic, aprovechando el tirón que tiene ahora mismo las palabras relacionadas con el archiconocido youtube.

En la actualidad, se encuentra todavía en fase Beta, y según parece tiene mucho que prometer. Los resultados por ahora están más dirigidos hacia el público general, que hacia el profesional. Proporciona grandes cantidades de información sobre las enfermedades más comúnes, pero tiene ligeras deficiencias a la hora de dar información actualizada que aporte utilidad de forma clara al profesional médico. Es decir, como buscador de consulta de datos comunes o información sobre una enfermedad común los resultados son positivos, pero para ensayos clínicos, trabajos de investigación o avances en determinados campos no se declara demasiado útil.

Una gran idea, es aportar el conocimiento colectivo de la comunidad de pacientes, a través de los foros. La información que nos provee debe ser evaluada y constrastada conciendamente, antes de su análisis, sin embargo aporta un gran conocimiento sobre el desarrollo de las enfermedades a través de los pacientes, los cuales, cuando las enfermedades son crónicas llegan a albergar más conocimiento que el propio profesional. Un ejemplo son proyectos como Health 2.0 o alguno de los proyectos que se detallan en Sanidad 2.0

El sistema se basa en la búsqueda personalizada de Google, del que obtiene los resultados, de forma más precisa y sin producir tanto ruido como el famoso buscador, ya que focaliza la búsqueda sólo sobre determinadas páginas. Esto hace que algunas páginas se conviertan casi en un monopolio en los resultados del buscador como pasa con Medline Plus.

Además, se ha añadido una busqueda para fármacos. También de carácter general, no aporta información sobre ensayos, estadísticas o estudios sobre los mismos. Por lo que he probado, sólo se obtienen resultados sobre prospectos (Al utilizar nombres comerciales),[Captura] referencias a Medline Plus (Principio Activo) [Captura]

En cuanto, a la publicidad del buscador, basada en Adsense de Google sólo puedo decir que me parece exagerada, y que atenta contra la seguridad del paciente en algunos casos.

Google y la medicina. La barrera entre información y negocio.

Actualmente Google se ha convertido en uno de los totems modernos de la información. La gente recurre a él como la panacea que todo lo cura y todo lo sabe. Un mundo, el de la información, que esta lleno de engaños, mentiras y equivocaciones.

Dentro del mundo de la medicina, el problema se hace mucho más acuciante, la venta de productos con propiedades milagrosas, curalotodo y brebajes de dudosa composición se alternan entre los resultados del famoso buscador. Desde siempre ha habido oradores y chamanes que han vendido productos milagrosos y al final sólo era Coca-Cola, pero en la actualidad donde la información lo rodea todo, la falta de crítica se ha convertido en una tónica común y los publicistas en los nuevos médicos, la falta de criterio a la hora de valorar un resultado, no atendiendo tanto a su importancia, sino al dinero que deja en el negocio, en este caso Google es hasta cierto punto peligroso.

Así se destaca en un artículo aparecido la semana pasada en la prestigiosa revista British Medical Journal que pone de manifiesto como los denominados "enlaces patrocinados" llevan a conclusiones equivocadas sobre patologías o fármacos.

Para la investigación han desarrollado un estudio sobre la búsqueda de la planta "Aloe". Los resultados arrojan que la presencia de esta planta en tratamientos como la quimioterapia puede mejorar las curaciones de cancer o incluso provocarlas, cuando esto no está científicamente comprobado. Como comentan los tres médicos "Mostrar publicidad que enlaza el Aloe con el cáncer en respuesta a una búsqueda de simplemente 'aloe' es inapropiado".

Se propone como solución mejorar el filtro para la aparición de estos anuncios como ya se hizo anteriormente para otros casos. También como colofón proponen "Si mejorar el filtro es demasiado complejo, sería mejor simplemente dejar de mostrar enlaces patrocinados cuando se realizan búsquedas relacionadas con términos o productos médicos".

Google no esta preparado para su introducción dentro del campo de la medicina. Se produce la confrontación entre el negocio y una información pertienente que favorezca al paciente, no al bolsillo del médico o en estos casos de los curanderos. Como se expone en el artículo: " Google ha expresado sus deseos de entrar en el campo de la medicina de diferentes modos. Nosotros creemos que el primer paso que debe tomar Google es la creación de filtros y algoritmos que prevengan, tanto como sea posible, daño a sus usuarios."


Via: Google.Dirson.com

¿Quien soy?

Un curioso. La curiosidad ha embargado toda mi vida, desde que era muy pequeño descerrajaba cerraduras, destrozaba bolígrafos, relojes, radios, creo que todo lo que llegaba a mis manos. Lástima, que nunca fui bueno para recomponer, una vez destrozado y aprendido el mecanismo, no había más que hacer por él. Para mí había cumplido su misión, ayudarme a entender el mundo que me rodea.

Más tarde, y con unos cuantos años más, mi mirada apunto hacia las máquinas más perfectas por ahora creadas, como ya comento Vesalio, la máquina humana. Así que, atendiendo a lo que era mi profesión de documentalista, fui desarrollando una búsqueda por distintas herramientas que permitieran conocer la historia de los seres vivos, sus patologias, su fisiología y anatomía, etc..

De esta manera fui recopilando herramientas que pueden ayudar a la búsqueda de información dentro de las ciencias de la salud, con especial interés a una un poco olvidada por el mundo de la documentación, la veterinaria.

Ahora, he decidido crear este blog, a modo de pequeño tesoro donde ir recopilando todo lo que voy encontrado, como pequeña salvaguarda ante un mundo de la información que cada vez se hace más caotico, y donde la información se está convirtiendo cada vez más en un articulo de lujo.

No pretendo que sea un hito en su campo, ni pretendo cambiar el mundo con el mismo, pero si a alguien puedo ayudar con mi curiosidad, y participar de mi conocimiento, pues bienvenido sea.

Empezamos.

Nunca he sido constante para nada. Lo he intentado, y tras un duro periodo de resistencia, todo lo que he hecho, al final lo he abandonado. Quizá sea el momento de proponerme algo donde ir marcando unas pautas de trabajo, un sitio donde la gente pueda leer los progresos realizados, y sobre todo aquello que vo encontrando a lo largo del camino y mi profesión.

No intento ser original, tampoco pretendo cambiar nada, sólo intentar enseñar lo poco que sé, sobre un determinado tema, la documentación y el area de salud con especial interés sobre las herramientas ultimamente aparecidas dentro de estos campos, cada vez más intuitivas y faciles de utilizar. (No sé si esto es positivo en aras de mi futuro profesional. En el fondo, siempre se puede hacer una oposición y vivir de Papa estado.)

Creo que soy de los pocos que se inicia dentro de este campo desde el area de la veterinaria. Esa ciencia tan agreste, donde hace tiempo ni las mujeres se atrevían a entrar. (Uno no es misógino, lo que ocurre es que el material veterinario no es precisamente liviano, y un animal de 500 kilos al que le estás introduciendo un hierro candente no suele ser demasiado dócil). La cuestión es que como una de las hermanas menores de la gran y poderosa medicina, va recogiendo las mieses de los campos que aquella ya segó.

Se trata de realizar de forma amena, una presentación de las principales formas de búsqueda a través de Internet, desde lo más fácil como buscar en Google (Google lo sabe todo, hasta que te meas en la cama), hasta realizar búsquedas profesionales a través de distintas bases de datos.

El nombre del Blog es una pequeña referencia al libro de Aristóteles, más tarde completado por Alberto Magno. Es mi manera de recoger en cierto modo las dos ramas anteriormente dicha.

Así que...¡Pasen y vean!