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MEDIE. La mineria de datos sobre Medline.

martes, 1 de septiembre de 2009


Como ya comenté en anteriores entradas, la minería datos es un conjunto de procesos que ayudan a extraer información sobre la información, es decir usando las características de la Inteligencia Artificial poder extraer de manera mucho más eficiente la información contenida dentro de los documentos, en el caso del que vamos hablar ahora, de Pubmed/Medline.

Medie es un motor de búsqueda semántica "inteligente" que recupera correlaciones biomédicas entre 18,627,642 (Actualizado el 27 de Agosto de 2009) artículos de MEDLINE. Se pueden encontrar resúmenes y frases en MEDLINE mediante la especificación de frases sencillas, como por ejemplo, ¿Que activa la proteína p53?

Esta realizado por Jun'ichi Tsujii y su equipo y aunque a priori parece una herramienta muy útil hay muchos documentalistas que aun discrepan de su utilidad, o de su efciencia.

Medie permite interactuar con él a través de tres formas como Sujeto, verbo o Complemento Directo. La correlación entre verbo y alguno de los otros dos terminos es necesario.(Obvio, claro)



Buscando libros (II)

jueves, 16 de julio de 2009

Muchas veces nos encontramos ante la tesitura de encontrar algún libro que no se encuentra bajo dominio público, pero que por necesidades de la investigación, tenemos que recurrir al mismo de manera inmediata. En estos casos, lo más fácil sería recurrir a una biblioteca que lo tuviese y nos solucionara el problema.

Y aunque en teoría, lo que acabo de decir suena a maravilla, no suele ser lo que ocurre todas las veces. Algunas veces te encontrar que el dichoso documento se encuentra en una Biblioteca a 800 kilómetros de donde vives y que aunque el préstamo interbibliotecario se inventó para eso, no te soluciona el problema para mañana.[Posiblemente te lo solucionará en una semana como mínimo.] A veces no tienes suerte, y el libro que buscas se encuentra dentro de los fondos de la Universidad de Berkeley, con una edición muy limitada, y tus posibilidades de acceso físico al mismo se resumen en ninguna.

También es sabido por todos que los libros de la salud van forrados con láminas de oro, lo que hace que los precios de algunos libros sean bastante altos, y en los que la economia del estudiante se enfrenta a duras visicitudes. [Belorcio o tomarme unas cañas, Belorcio o tomarme unas cañas. Siempre gana Belorcio, amigos].

Con todo esto quiero decir, que muchas veces hay que conseguir los libros de forma gratuita y rápida, la piratería no es algo que me agrade, pero en mi orden ético de valores, la difusión de la cultura y el conocimiento gana de manera clara a cualquier supuesto hecho delictivo de apropiarme indebidamente de los libros de otro, sin aportarle ninguna remuneración económica.

Para los libros más usuales. Los de uso más frecuente recomiendo:

Libros de Medicina

Libros de Veterinaria.


Para encontrar libros de uso menos frecuente, y por tanto más difíciles de encontrar, yo recomiendo:


Passfans es un foro chino en el que se republican en versión electrónica la mayoría de los libros universitarios que salen al mercado en Norteamérica. Como podréis adivinar el sitio sólo acepta como legua el inglés y funciona con un sistema de créditos.

El sistema de créditos es complicado, ya que por cada post que publiques y las veces que sea agradecido recibes una serie de créditos lo que más tarde te permite ver secciones, o comprarles libros digitalizados a otros usuarios. De este modo garantizan que todo el mundo aporte algo al foro.

Y todo esto sin poner libros de medicina gratis o libros de veterinaria gratis.

Estudiando Anatomia.

miércoles, 8 de julio de 2009

Quizá llegué un poco tarde y los exámenes ya hayan pasado, aunque siempre queda septiembre para que estudiantes, curiosos y morbosos varios, puedan disfrutar un poco con la anatomía del cuerpo humano.

Y es que esos grandes amigos como son el Sobotta [El libro con más links en torrents o Rapidshare. Es más fácil encontrarlo pirta que original.], el Escolar, o el Rohen Yokochi [o konichimichi, como he oído a alguna decir] son demasiado sosos, pecan de petardos, y a decir verdad, serían personajes a los que no llamaría para irme a tomar unas cañas. Bromas aparte, la enseñanza de la anatomía pasa por elementos más interactivos y menos estáticos. Un claro ejemplo de ello, fue esa pequeña aportación de José Escolar García , cuando al mundo anatómico; el conocido Belorcio [Más tarde Smith-Agreda lo convertiría en un precioso y caro libro]. Algún día le dedicaré una entrada a este libro.

Un claro ejemplo de esto es Visible Body. Aporta una visión completa del cuerpo humano sin la utilización de programas externos, solo utilizando el navegador. [Según exponen en su página web se puede utilizar con cualquier navegador, a mi sólo me funciona con Internet explorer.]

Para ver su funcionamiento la página aporta tres formas de prueba. Los videos, una demo [Sólo presenta la cabeza], y un periodo de prueba. En este último caso os tenéis que registrar bajo una licencia individual y posteriormente ellos os mandan un correo con el que podéis probar el servicio durante siete días.

Un ejemplo de lo que os digo:



A priori, puede pecar de poco específico y detallado. Pero siempre es una buena herramienta a niveles más básicos.

Diente

domingo, 28 de junio de 2009

Un diente visto desde muy cerca.


GoPubMed. Otro buscador sobre Pubmed.

viernes, 26 de junio de 2009



Con la llegada de la Web 2.0, han aparecido una gran cantidad de servicios con el propósito de hacer la vida más simple y fácil a los profesionales de la salud. Herramientas como NextBio [Por ahora la más completa], NovoSeek, Semedico y ahora Go PubMed van inundando el mercado de la información sobre la salud utilizando una misma fuente, el omnipotente y grandioso PubMed [Oh, señor, te adoramos].

Son servicios que se caracterizan por su simplicidad de formas, calidad visual, y forma de presentar los resultados. Y es que la interfaz de Pubmed, a pesar de ser un clásico, se está quedando algo anticuada, aunque su capacidad de búsqueda acompañada de conocimientos sobre lógica booleana, sea mucho más eficaz que la de estos nuevos buscadores.

Gopubmed es un proyecto creado por la Universidad Técnica de Dresde, Alemania, en el grupo del Profesor Michael Schroeder en conjunto con Transinsight.

Es un buscador basado en ontologías, en conocimientos, por lo que las palabras clave de la búsqueda nos devuelven unos resultados clasificados según el MeSH (tesauro que cubre términos biomédicos y relacionados con la salud) y GeneOntology (vocabulario jerárquico sobre biología molecular). [1]

El servicio se divide en tres partes un buscador en Web que denominan como Goweb, el ya citado Gopubmed que funciona con la base de datos de Pubmed y Go3Web que ofrece información sobre experimentos realizados sobre animales.

Los tres utilizan la misma interfaz y los resultados son presentados de la misma forma, por ello pasaremos a decribirlos de forma conjunta:

La interfaz muestra a la derecha de la pantalla los resultados obtenidos y a la izquierda un menú de opciones dividido en cuatro categorias que son :

What. En el cual se nos presentan los principales filtros que se le pueden aplicar a la búsqueda previamente realizada. Dentro de los filtros se puede observar que aparecen al principio un grupo de bloques desplegados, son los que más afinidad y relación muestran con la búsqueda realizada. En la parte inferior aparecen grandes bloques de materias, que a priori están sin deplegar, son filtros que tienen menos relación con la búsqueda realizada.

Los filtros contienen una casilla grísacea a su derecha. Ésta puede ser pulsada para añadirles como filtro [Operador Y], o pulsando dos veces para omitir los resultados que los contengan [operador NO]

Who. Se presentan los principales investigadores que han desarrollado proyectos o han escrito artículos sobre el tema que se está investigando. Si buscamos algún autor nos aparecera su nombre, su procedencia, y los departamentos en los que ha investigado. [Aunque cuidado, Cordero del Campillo, aparece como mexicano. No obstante, se pueden rectificar los datos y añadir nuevos lo que mejora la biografía del autor]

Where. Específica los lugares donde se han publicados los artículos. En el caso de la Web aparecen los principales dominios. También permite filtrar por ellas, y buscar revistas específicas.

When. Fecha en la que se publican los artículos.

Si nos fijamos en los resultados la interfaz nos ofrece:

Titulo, Autores, Título de la revista, años, resumen, proteinas [Busca en Uniprot], Wiki [Palabras claves referenciadas en la Wikipedia], Afiliación de los autores. El clip que se situa a la izquierda nos permite guardar resultados e importarlos posteriormente en diferentes formatos.

Esto se puede ver más claro en el siguiente ejemplo:



Otro elemento a destacar de la interfaz de búsqueda es la pestaña de estadísticas, que nos ofrece mapas de los Colegios Invisibles, Gráficos de publicación y mapas para una mejor presentación de los resultados; y la búsqueda avanzada, que además de las búsquedas especiales, nos permite buscar en alemán.

Hemos realizado algunas pruebas con él, y se puede destacar como curiosa la siguiente búsqueda en el apartado de Go Web [Búsqueda]. [Para probar buscadores utilizo por defecto esa palabra, no tenía ni idea de que iba a salir eso]. Otras búsquedas

Como los proyectos, ya anteriormente dichos, también dispone de una versión profesional.

Por si tenéis alguna duda os dejo un fantástico vídeo que se puede encontrar en la página

Buscando libros. (I)

martes, 23 de junio de 2009


Estas dos últimas semanas he estado algo ocupado y no he podido actualizar, como me propuse en el principio, al realizar este blog. No obstante, ahora que empieza el verano y que los días son más largos intentaré actualizar con mayor celeridad.

Realizar investigaciones históricas siempre conlleva la búsqueda de libros en los que cotejar teorías, argumentaciones, o ver el estado de la cuestión en un determinado periodo temporal. Desde hace años se esta trabajando en el volcado de libros en la red.

En la actualidad, se están realizando ímprobos trabajos de digitalización que facilitan de forma clara, el estudio de los documentos. Se trata de crear unas nuevas Bibliotecas Digitales. El ejemplo más claro de estos proyectos es Google Books, que aunque está realizado para tener acceso o todo tipo de documento, se declara útil a la hora de buscar documentos históricos.

El proyecto de Google Books no sólo se materializa en la digitalización de la imagen, sino que las transfiere a un OCR para extraer su contenido y facilitar la búsqueda a través del texto. [A veces, cuando se te ha olvidado copiar determinada cita de un libro, esto se convierte en una bendición]

No obstante, existen muchos más servicios que nos pueden facilitar el acceso a obras digitalizadas. [Siempre es bueno alejarse del Gran Hermano]. A continuación haré una pequeña lista.

De Carácter General.

De carácter específico. Medicina, Farmacia, Veterinaria.


Medicina.

Veterinaria


Hemerografía.

Buscando Documentos. (I)

miércoles, 3 de junio de 2009

Como algunos de los que me leen ya saben, yo principalmente me dedico a la búsqueda de documentación antigua, para la realización de la historia, esto es algo a veces muy gratificante, pero a veces es desesperante como me ha ocurrido en los últimos meses. Así que hoy intentaré realizar una aproximación a este tema, que ahora estoy bastante puesto.

A la hora de realizar una búsqueda documental histórica, la única forma de llegar a fuentes fidedignas es pasar por los archivos. Por ahora, lo normal es que no estén digitalizados y tengas que ir visitando los diferentes archivos uno a uno. Las archiveras (Son mayoría) suelen ser muy amables y ayudan bastante a ubicarte en el archivo. A parte de eso tenemos otras herramientas con fondos digitalizados como:

-Pares (Portal de Archivos Españoles. base de datos de documentos de los archivos estatales)
-Hispana (Directorio y recolector de recuros digitales)

En mi caso, mi jefe me ha propuesto para mi tesis a Bernardo Rodríguez, para el que no lo conozca, el primer veterinario español. La documentación que existe sobre el mismo, es parcial y además no hay por donde cogerla. Lo que nos obliga a empezar desde la base.

Al buscar en Pares e Hispana, me ha salido un único registro sobre el caballero. (Por propia experiencia, os diré que no os fieis mucho. Yo me pegue un buen viaje hasta el Archivo Histórico Nacional para el final maldecir a un archivero que no sabía distinguir entre un muerto y el que firma la muerte, en este caso Bernardo Rodríguez)

Los archivos de protocolos son una buena fuente a explorar siempre. Los testamentos son fuentes de información vital muy importantes. En mi caso, de no tener nada de que fiarse, llego a los datos de toda su familia padres e hijos. Esto es muy importante, ya que a partir de ello tendremos que ir hilando una historia de sus padres e hijos. En mi caso, por ejemplo, pase de tener "Bernardo Rodríguez" a "Bernardo Rodríguez, hijo de Carlos Rodríguez y Bernarda Marinas, casado con María Soulage y con dos hijos Josef Rodríguez Soulage y Juan Antonio Rodríguez Soulage"

Esto nos permite extender nuestra búsqueda de manera clave para mejorar nuestro "Estado anómalo del conocimiento". En mi caso, me permitiendo encontrar su partida de nacimiento, ahora sé que es de Valladolid, poderes que nos indican sus relaciones, codicilios que nos han permitido ver cambios de voluntades (Buscadlo, en mi caso sirvió de mucha ayuda), otros testamentos, donaciones, etc...

Un consejo profesional, os recomiendo continuar buscando en el mismo notario. El hombre suele ser animal de costumbres.